Oorspronkelijk dateert de Broederkerk uit de 14e eeuw, gebouwd door de Kamper minderbroeders als kloosterkerk voor het naast de kerk gelegen Broederklooster.
Een brand in 1472 legde een groot deel van de kerk in de as. Bij de herbouw is deel gebruikgemaakt van de bestaande muren en ook bestaande materialen zijn verwerkt in de nieuwe muren. In die periode van herbouw is het achtzijdige traptorentje tussen beide beuken van het koor geplaatst evenals de kapconstructie van het schip en het koor. Ruim een eeuw later wordt er een scheidingsmuur tussen het schip en het koor geplaatst als de kerk in handen van de protestantse gemeenschap van Kampen valt. Ook het orgel dateert uit de zestiende eeuw maar is sinds die tijd meerdere malen ingrijpend gewijzigd. De tweede dwarsmuur dateert uit de 19e herstelwerkzaamheden plaats onder leiding van stadsarchitect Nicolaas plomp. Meest recent is de restauratie in 2009.